La maîtrise de la crise sanitaire semble de plus en plus compliquée avec la découverte de plusieurs mutations de la souche du SARS-CoV-2. Ces derniers mois, plusieurs variants de cette souche ont, en effet, fait leur apparition notamment au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil. Les uns plus virulents et plus dangereux que les autres. Mais quels sont ceux qui sont les plus difficilement maîtrisables par le système immunitaire ?

Selon plusieurs experts, ces variants risquent de remettre en question toute la stratégie de vaccination mise en place et déployée depuis plusieurs semaines maintenant dans de nombreux pays. Car selon eux, ces diverses mutations pourraient bien être difficilement neutralisables par le système immunitaire. D’ailleurs, une étude a été récemment menée, à ce propos, à Seattle aux Etats-Unis pour déterminer les nouveaux variants du coronavirus les compliqués à maîtriser par le système immunitaire. Cette étude s’est notamment focalisée sur la capacité neutralisante des anticorps polyclonaux de patients ayant eu la Covid-19 sur plusieurs formes mutées de la protéine S. On apprend ainsi que leurs résultats démontrent que « certaines mutations diminuent drastiquement le pouvoir neutralisant des anticorps, dont une qui est présente dans les variants sud-africain et brésilien décrits au mois de décembre ».

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« Le point de départ de ce travail de recherche est une bibliothèque de plus de 3.800 mutants de la protéine S du SARS-CoV-2. Chaque mutant porte une seule modification dans le receptor binding domain, cette région de la protéine S qui se lie physiquement à ACE2. Les anticorps neutralisants se fixent préférentiellement à cette région pour inhiber l’entrée du virus de sa cellule hôte. Les anticorps proviennent du sérum de 17 patients, prélevé environ un mois après l’apparition de leurs symptômes. Parmi ces échantillons, onze ont été exploités après que la présence d’anticorps neutralisants a été mise en évidence et leur purification », indiquent les auteurs de cette étude. Après cette étape, on apprend que les scientifiques ont mis en présence les mutants de la protéine S et les anticorps neutralisants des patients convalescents. « Le but est d’observer quelles mutations permettent au SARS-CoV-2 d’échapper à la neutralisation. Les résultats montrent de grandes différences entre les échantillons : en globalité, la capacité neutralisante s’échelonne de 63 à 99 % selon les échantillons considérés », détaille Futura-sciences.com, ajoutant que malgré cela, une mutation en particulier semble mettre à mal le pouvoir neutralisant des anticorps dans la majorité des cas (9 échantillons sur 11), et que c’est une mutation à la position E484.

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L’étude américaine précise que ce résidu est situé sur une « crête » du receptor binding domain de la protéine S et que lorsque l’acide glutamique (E) est changé pour une lysine (K) ou une glutamine (Q), la capacité neutralisante des anticorps diminue d’un facteur dix. Notons que la mutation E484K est l’une des mutations spécifiques des variants sud-africain et brésilien. De même, d’autres mutations ont eu le même effet, mais seulement pour une minorité de sérums parmi ceux testés, montre l’étude, ajoutant également qu’une mutation sur la phénylalanine en position 456 (F456) limite également la fixation des anticorps sur cet épitope, mais sans entraver leur capacité neutralisante. « La mutation E484K est la plus significative, mais elle est plutôt rare. En effet, les scientifiques ont calculé la fréquence d’apparition de certaines mutations parmi toutes les séquences répertoriées par le Gisaid jusqu’au 23 décembre 2020. La mutation E484K n’apparaît que dans 0,11 % des séquences, tandis que les quatre mutations les plus fréquentes, S477N, N439K, N501Y et Y453F concernent respectivement dans 5,69 %, 1,49 %, 1,39 % et 0,36 % des séquences analysées », précise également l’étude.

Futura-sciences.com indique aussi que ces dernières n’influent pas sur la capacité neutralisante des anticorps, mais confèrent au coronavirus d’autres avantages et que la mutation N501Y, présente dans les variants anglais, sud-africain et brésilien, est associée à une transmission accrue du virus, de l’ordre de 50 %. Il faut savoir qu’un variant portant à la fois la mutation E484K et N501Y possède deux avantages par rapport aux autres coronavirus. Il s’agit d’un échappement aux anticorps neutralisants et d’une meilleure propagation. « C’est le cas des variants sud-africain et brésilien qui infectent de plus en plus de personnes dans le monde », conclut l’étude.