La variante Omicron hautement transmissible du virus SRAS-CoV-2 – dont la forme la plus courante est connue sous le nom de BA.1 – représente aujourd’hui la quasi-totalité des infections à coronavirus dans le monde, bien que des poussées spectaculaires d’infections aient déjà atteint un pic dans certains pays.

Les scientifiques constatent maintenant une augmentation des cas causés par un proche dérivé appelé BA.2, qui commence à supplanter le BA.1 dans certaines régions d’Europe et d’Asie. A l’échelle mondiale, le BA.1 représentait 98,8 % des cas séquencés soumis à la base de données publiques de suivi des virus du GISAID au 25 janvier. Mais plusieurs pays signalent une augmentation récente de la sous-variante connue sous le nom de BA.2, selon l’Organisation mondiale de la santé.

En plus de BA.1 et BA.2, l’OMS énumère deux autres sous-variantes sous l’égide d’Omicron : BA.1.1.529 et BA.3. Tous sont étroitement liés génétiquement, mais chacun présente des mutations qui pourraient modifier son comportement. Trevor Bedford, un virologue informaticien du Fred Hutchinson Cancer Center qui a suivi l’évolution du SRAS-CoV-2, a déclaré vendredi sur Twitter que le BA.2 représente environ 82 % des cas au Danemark, 9 % au Royaume-Uni et 8 % aux États-Unis, d’après son analyse des données de séquençage de la base de données GISAID et du nombre de cas du projet Our World in Data de l’Université d’Oxford. La version BA.1 d’Omicron a été un peu plus facile à suivre que les variantes précédentes. En effet, il manque à la version BA.1 l’un des trois gènes cibles utilisés dans un test PCR courant. Les cas présentant ce modèle ont été supposés par défaut être causés par BA.1.

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BA.2, parfois appelée sous-variante « furtive », ne présente pas le même gène cible manquant. Au lieu de cela, les scientifiques le surveillent de la même manière que les variantes précédentes, y compris Delta, en suivant le nombre de génomes de virus soumis aux bases de données publiques telles que GISAID. Comme pour les autres variantes, une infection par le BA.2 peut être détectée par des kits de tests à domicile pour les coronavirus, bien qu’ils ne puissent pas indiquer quelle variante est responsable, selon les experts. Certains rapports préliminaires indiquent que le BA.2 pourrait être encore plus infectieux que le BA.1, déjà extrêmement contagieux, mais rien ne prouve jusqu’à présent qu’il soit plus susceptible d’échapper à la protection vaccinale. Les autorités sanitaires danoises estiment que le BA.2 pourrait être 1,5 fois plus transmissible que le BA.1, sur la base de données préliminaires, bien qu’il ne provoque probablement pas de formes plus grave d’infections.

En Angleterre, une analyse préliminaire de la recherche des contacts entre le 27 décembre 2021 et le 11 janvier 2022 par l’Agence de sécurité sanitaire britannique (HSA) suggère que la transmission à domicile est plus élevée chez les contacts des personnes infectées par le BA.2 (13,4 %) que chez les autres cas d’Omicron (10,3 %). La HSA n’a trouvé aucune preuve de différence dans l’efficacité du vaccin, selon le rapport du 28 janvier.

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Une question essentielle est de savoir si les personnes qui ont été infectées lors de la vague BA.1 seront protégées contre le BA.2, a déclaré le Dr Egon Ozer, expert en maladies infectieuses à la Northwestern University Feinberg School of Medicine à Chicago. Cela a été une préoccupation au Danemark, où certaines régions qui ont connu un nombre élevé de cas d’infections par le BA.1 ont signalé une augmentation des cas de BA.2, a déclaré le Dr Ozer. Si une infection antérieure par le BA.1 ne protège pas contre le BA.2, « cela pourrait être une sorte de vague à deux bosses », a déclaré Ozer. « Il est trop tôt pour savoir si cela se produira ».